Er worden nieuwe fietsenstallingen gebouwd en de bestaande stalling aan de oostzijde van het stationsgebouw wordt opgeknapt. In totaal komen er 10.000 overdekte stallingsplaatsen. ProRail is samen met gemeente Amsterdam verantwoordelijk voor de aanleg hiervan.
Er komen 7.000 plekken onder het westelijk tramemplacement, 2.000 plekken in de Zuidooststalling en 1.000 plekken in de toekomstige Noordweststalling aan de IJzijde bij de toekomstige fiets- en voetgangerstunnel.